生物除臭箱作為生物除臭設備其除臭可分成三個過程：

　　1、惡臭味汽體的融解過程，即由液相遷移到液相。

　　2、溶液中惡臭味成份被微生物菌種吸收，即溶解水里的臭味，通過微生物菌種的植物細胞和細胞質被微生物菌種吸收，而不溶解水的臭味先粘附在微生物菌種身體之外，由微生物菌種代謝的細胞外酶溶解為可溶化學物質，再滲透到體細胞。

　　3、微生物菌株體細胞的氣味成分被溶解，用作營養元素去除空氣污染物。